Das Verfahren vor den Strassburger EMRK-Organen ist in seiner gegenwärtigen Ausgestaltung relativ kompliziert, weil zwei Instanzen durchlaufen werden müssen, ohne dass im voraus feststeht, ob nach der Kommission der Gerichtshof zum Zug kommt oder aber das Ministerkomitee. Doch soll in naher Zukunft schon als einzige Instanz ein ständiger Gerichtshof amten, in den jeder Konventionsstaat einen Vertreter entsendet.
Im Jahre 1994 sind beim Sekretär der Menschenrechtskommission in Strassburg 9968 Beschwerden eingereicht worden. Besteht von vorneherein keine Aussicht auf Erfolg, wird dies dem Rechtsuchenden mitgeteilt, der dann sehr oft aufgibt. Über 70 Prozent der Eingänge werden auf diese Weise erledigt.
In den übrigen Fällen prüft die Kommission zunächst die Zulässigkeit der Beschwerde. Unzulässig ist sie unter anderem, wenn noch nicht von allen nationalen Rechtsmitteln Gebrauch gemacht worden ist oder wenn sie nicht innert sechs Monaten in Strassburg eingereicht wurde. Häufig werden Beschwerden auch für unzulässig erklärt, weil sie als offensichtlich unbegründet erscheinen. Den Entscheid über die Zulässigkeit fällt in der Regel ein Ausschuss von drei Mitgliedern oder eine siebenköpfige Kammer und nur in wichtigen Fällen das Kommissionsplenum. Das Verdikt «unzulässig», das im langjährigen Durchschnitt über 90 Prozent aller überhaupt registrierten Beschwerden trifft, ist endgültig und kann weder beim Gerichtshof noch beim Ministerkomitee angefochten werden.
Wird die Beschwerde zugelassen, muss sich die Kommission materiell damit befassen. Dazu führt sie eine kontradiktorische (aber nicht öffentliche) Verhandlung durch, sofern dies nicht schon vor dem Entscheid über die Zulässigkeit geschehen war. Zudem versucht die Kommission in diesem Verfahrensstadium eine gütliche Regelung herbeizuführen. Sofern dies gelingt, wird ein kurzer Bericht verfasst und dem Beschwerdeführer, der Regierung, dem Ministerkomitee sowie dem Generalsekretär des Europarats zugestellt, womit das Verfahren abgeschlossen ist.
Kommt eine gütliche Einigung nicht zustande, erstellt die Kommission einen ausführlichen Bericht, der den massgeblichen Sachverhalt feststellt und sich dazu äussert, ob die Konvention verletzt wurde. Ist sich die Kommission in dieser Frage nicht einig, können die in der Minderheit verbliebenen Mitglieder ihre abweichende Meinung ( dissenting opinion) in einem Schriftsatz darlegen, der dem Bericht beigefügt wird. Der Kommissionsbericht wird dem Ministerkomitee, dem betroffenen Staat und dem Beschwerdeführer zugestellt, doch ist damit noch nicht verbindlich über die Streitsache entschieden.
Die Beteiligten haben nun die Möglichkeit, an den Gerichtshof zu gelangen, der zunächst ein Annahmeverfahren durchführt, aber eigentümlicherweise nur, sofern er vom Beschwerdeführer allein angerufen wurde. Dann überträgt der Hof das Verfahren einer neunköpfigen Kammer, welcher immer der Richter des betroffenen Staates angehört. Nach einer öffentlichen Verhandlung berät die Kammer ihr Urteil hinter verschlossenen Türen. Einige Monate später wird der Entscheid öffentlich verkündet und sogleich samt allfälligen Minderheitsstandpunkten in schriftlicher Form abgegeben. Bejaht der Gerichtshof eine Konventionsverletzung, dann kann dem Beschwerdeführer eine finanzielle Entschädigung zugesprochen werden. Gelegentlich werden nur gerade die Verfahrensauslagen vergütet, weil in den Augen der höchsten Richter Europas die Feststellung der Menschenrechtsverletzung allein dem Beschwerdeführer ausreichend Genugtuung verschafft.
Ruft keine Seite den Gerichtshof an, geht die Sache ans Ministerkomitee, das mit Zweidrittelmehrheit über eine allfällige Verletzung der Konvention befindet. Kommt dieses Quorum ausnahmsweise nicht zustande, bleibt unbeantwortet, ob die Beschwerde begründet war oder nicht.